Creado en 1946 a partir de la adquisición por parte de la Intendencia de Soriano de la colección paleontológica perteneciente al Naturalista y Paleontólogo Alejandro C. Berro.
En un principio fue instalado en una finca ubicada en la esquina de las actuales calles Florencio Sánchez y Eduardo V. Haedo y luego trasladado al Orfeón Español (actual Casa de la Cultura) bajo el nombre de Museo Paleontológico y de Ciencias Naturales y fue dirigido por el propio Berro.
En 1960 luego del fallecimiento de Berro (1959) la Junta Departamental. de Soriano designa la institución con el nombre de Museo Paleontológico Alejandro Berro.
En 1983 la colección se traslada al Castillo Mauá, inaugurándose el nuevo museo el 27 de agosto de 1984. La organización de la exposición estuvo a cargo del Dr. Martín Ubilla y el Lic. Arturo Toscano. Las ilustraciones y la cartelería fueron realizadas por el Sr. Wilde Marotta y las maquetas por el Sr. Mario Buela.
El acervo del museo está compuesto por más de 4000 piezas fósiles entre las que se destacan una coraza completa de Gliptodonte y varios huevos de dinosaurios. Además posee una importante colección arqueológica compuesta por materiales líticos, cerámicos y óseos.
